1999年（平成11年）10月19日（1990年代末（20世紀末（2千紀末））），巨大隕石突然向地球飛來，落下並直接擊中日本涉谷，週圍地區因此毀滅，傷亡慘重，稱為「涉谷隕石事件」。7年後的現在（2006年（平成18年）（2000年代中期（21世紀（3千紀）））），涉谷仍未復興，並持續封鎖中。只是災難並未就此結束，一切才剛開始。 隕石落下後，不明宇宙生物擬態成人類活動於城市中，不斷殺害人類並繁殖，造成人們的恐慌。為了消滅這些被稱為異蟲（Worm）的生物，人類組成了一個祕密組織ZECT。但由於異蟲擁有難以肉眼辨認的高速移動能力「Clock Up」，ZECT一再戰敗。最後的希望只剩下未及完成的武裝系統Masked Rider System（假面騎士系統）。如果有能夠裝備這套系統，並運用自如的人出現，那麼ZECT就能得到足夠的力量和異蟲對抗。 某天，ZECT的實習隊員加賀美新，遇見了一個自稱「行天之道，總司一切（行走天之道，掌管世間一切）」（天の道を往き、総てを司れ!）的奇怪男子。此人名為天道總司。對於他如此桀傲不馴的態度，加賀美感到驚愕而困惑。 異蟲再度出沒，ZECT隊員們被逼入絕境。目睹苦戰的同伴，加賀美決心要成為騎士而戰。但是，從空中飛來的Masked Rider System核心「Kabuto Zector」，卻飛到了忽然出現的天道手中。 把從童年時就得到的腰帶與Kabuto Zector聯組在一起，天道在一瞬間被獨角仙外型的裝甲服包住身體，輕而易舉的打倒異蟲，假面騎士Kabuto就此誕生。 但是，對於不過是一介平民，而且非組織成員的天道，ZECT判定他沒有資格成為Kabuto的裝備者，並委託接連誕生的新騎士們，抹殺假面騎士Kabuto適任者天道總司。 天道總司能否憑自己一個人的力量守護一切？逐漸明朗化的世界真相又是如何？